มติคณะรัฐมนตรีเมื่อวันที่ 24 กุมภาพันธ์ 2563 รับทราบร่างกฎกระทรวงแบ่งส่วนราชการสำนักงานสภาความมั่นคงแห่งชาติ สำนักนายกรัฐมนตรี พ.ศ. .... ที่สำนักงานคณะกรรมการกฤษฎีกาตรวจพิจารณาแล้ว มีสาระสำคัญเป็นการแบ่งส่วนราชการของสำนักงานสภาความมั่นคงแห่งชาติ สำนักนายกรัฐมนตรี เพื่อให้สอดคล้องกับภารกิจที่เพิ่มขึ้นและเหมาะสมกับสภาพของงานที่เปลี่ยนแปลงไป อันจะทำให้การปฏิบัติภารกิจตามอำนาจหน้าที่มีประสิทธิภาพและประสิทธิผลยิ่งขึ้น และให้สำนักเลขาธิการคณะรัฐมนตรีส่งร่างกฎกระทรวงดังกล่าวให้สำนักงานสภาความมั่นคงแห่งชาติเพื่อนำเสนอนายกรัฐมนตรีพิจารณาลงนาม และประกาศในราชกิจจานุเบกษาต่อไป

โดยสาระสำคัญของร่างกฎกระทรวงฯ ได้ปรับปรุงการแบ่งส่วนราชการ สมช. ตามกฎกระทรวงแบ่งส่วนราชการสำนักงานสภาความมั่นคงแห่งชาติ สำนักนายกรัฐมนตรี พ.ศ. 2554 แบ่งส่วนราชการได้ดังนี้ [10] [11]

กลุ่มภารกิจนโยบายและบริหารแผนงานความมั่นคง

กองนโยบายและยุทธศาสตร์ความมั่นคง

กองประเมินภัยคุกคาม

กลุ่มภารกิจยุทธศาสตร์และอำนวยความมั่นคงเฉพาะด้าน

กองความมั่นคงกิจการชายแดนและประเทศรอบบ้าน

กองความมั่นคงภายในประเทศ

กองความมั่นคงเกี่ยวกับภัยคุกคามข้ามชาติ

กองความมั่นคงจังหวัดชายแดนภาคใต้และชนต่างวัฒนธรรม

กองความมั่นคงกิจการชายแดนและประเทศรอบบ้าน

กองความมั่นคงด้านการเตรียมพร้อมและการป้องกันประเทศ

กลุ่มภารกิจสนับสนุนทางวิชาการ และเครือข่ายการมีส่วนร่วม

สถาบันความมั่นคงศึกษา

กลุ่มกฎหมาย

กลุ่มภารกิจสนับสนุนทางการบริหาร

สำนักงานเลขาธิการ

กลุ่มตรวจสอบภายใน

กลุ่มพัฒนาระบบบริหาร

ศูนย์ปฏิบัติการต่อต้านการทุจริต